Het orgel in de Fontein is in 1965 gebouwd door de orgelmaker Bernard Pels & Zoon. Het is een orgel met twee klavieren en een zelfstandig pedaal. Het orgel heeft bijna 1400 pijpen en heeft 20 registers.
In 2007 heeft orgelmakerij Gebr. Reil te Heerde, op verzoek van de kerk, het orgel grondig gerenoveerd.

Ze heeft het orgel goed schoon gemaakt, sommige registers aangepast en alle pijpen opnieuw geintoneerd.
Omdat het resultaat van deze renovatie verbluffend te noemen is, is er een kerkconcertserie opgericht waarin dit geweldige orgel een groot aandeel heeft. De concerten variëren van orgelconcerten tot koorrecitals en van ensemble- tot zangconcerten.